室町時代末期、武士の醍醐景光は、ある寺のお堂で魔物に通じる48体の魔像に天下取りを願い出て、その代償として魔物の要求の通り、間もなく生まれる自分の子を生贄として彼らに捧げることを誓う。
その後誕生した赤ん坊は体の48箇所を欠損した体で生まれ、母親と引きはがし化け物としてそのまま川に流され、捨てられてしまう。
14年後、成長した赤ん坊は百鬼丸と名乗り、不思議な声に導かれるままに自分の体を取り戻す旅に出る。
魔物を倒す度に、奪われた48箇所の体は1つずつ復活していく。